Şahin Bağırov Dövlət Gömrük Komitəsinin sədri təyin edildikdən sonra qurumda bir çox dəyişikliklər etdi. Ancaq sahibkarların müxtəlif bəhanələrlə incidilməsi o anlama gəlir ki, hələ də Dövlət Gömrük Komitəsində bürokratik əngəllər və problemlər qalmaqdadır. Buna görə də son zamalar sahibkarların Dövlət Gömrük Komitəsindən şikayətləri artmaqdadır. Doğrudur, bu şikayətlər Aydın Əliyev və Səfər Mehdiyevin zamanında olduğu səviyyədə total və davamlı olmasa da, son zamanlar Şahin Bağırovla bağlı mətbuatda çıxan məlumatlar sesnsasiya xarakterlidir. Xüsusən Gömrük Komitəsində yeni sistemin də korrupsioner və rüşvətxor sistem olaraq monopoliyaya xidmət göstərməsi ilə bağlı artan xəbərlər onu deməyə əsas verir ki, Komitədə mahiyyətcə dəyişim baş verməyib. Yəni Şahin Bağırov Dövlət Gömrük Komitəsində yeni qaydalar tətbiq eləsə də, Komitənin fəaliyyətində mahiyyət dəyişikliyi baş veməyib və bu fəaliyyət yenə də monopoliya xidmət etməkdədir.
Qeyd edək ki, Dövlət Gömrük Komitəsi ilə bağlı narazılıqların artması və ictimailəşməsi Şahin Bağırovun rəqiblərini həvəsləndirib. Belə görünür ki, Şahin Bağırovla bağlı şikayətlərin artması məhz ona qarşı müxalifətin aktivləşməsi ilə bağlıdır.
